Рік заснування школи – 1 вересня 1976
З 1993 року навчання в школі ведеться українською мовою.
З 1997 року поглиблено вивчається англійська мова з 1-го класу, друга іноземна мова — з 5-го класу.
З 1998 року школа отримала ліцензію як спеціалізована з поглибленим вивченням англійської мови.
У 2009 році школа отримала почесну грамоту від міського голови як Краща школа-2009 за значний внесок у розвиток освітньої галузі м. Харкова, інноваційний підхід до навчання, виховання і гармонійного розвитку дітей та учнівської молоді.
З жовтня 2015 року згідно з рішенням Харківської міської ради Харківської області 6 скликання від 23.09.2015 № 2014/15 "Про присвоєння почесного імені загальноосвітньому навчальному закладу та його перейменування" Харківська спеціалізована школа І-III ступенів №16 Харківської міської ради Харківської області змінила назву на "Харківська спеціалізована школа І-III ступенів з поглибленим вивченням окремих предметів №16 Харківської міської ради Харківської області імені В.Г.Сергєєва".
З липня 2023 року згідно з рішенням 16 позачергової сесії Харківської міської ради 8 скликання від 13.06.2023 № 378/23, «Про перепрофілювання (зміни типу) та перейменування закладів загальної середньої освіти» Харківська спеціалізована школа І-III ступенів з поглибленим вивченням окремих предметів №16 Харківської міської ради Харківської області імені В.Г.Сергєєва змінила назву на Комунальний заклад «Харківський ліцей № 16 Харківської міської ради» (ХЛ № 16).
За 1976-2020 навчальні роки школу закінчило:
- із золотою медаллю — 139 учнів,
- зі срібною медаллю — 43 учні.
За 2025-2026 навчальні роки школу з відзнакою закінчило 10 учнів.
Школа забезпечує безперервне навчання: школа – заклад вищої освіти
Школа тісно співпрацює з:
- Національним технічним університетом “Харківський політехнічний інститут”,
- Національним аерокосмічним університетом ім. М.Є.Жуковського “Харківський авіаційний інститут”,
- Харківським національним педагогічним університетом ім. Г.С. Сковороди,
- Харківським національним університетом ім. В.Н. Каразіна,
- Харківським національним економічним університетом імені Семена Кузнеця,
- Харківським національним автомобільно-дорожнім університетом.
У школі створені всі необхідні умови для всебічного розвитку дітей: створено 42 кабінети, зокрема 2 комп`ютерні класи, сучасний кабінет біології, предмета "Захист України", оновлений спортивний зал;





